四川省农业科学院农产品加工研究所于2009年11月经中共四川省委机构编制委员会办公室批复，由原实验场更名成立。内设机构包括：职能管理部门、研究中心、院基地管理机构（挂靠）。

职能管理部门包括所党政办公室、科技管理办公室、科技产业中心、条件财务办公室、后勤服务中心。

建有五个研究中心：果蔬贮藏加工研究中心、发酵食品研究中心、粮油加工研究中心、功能食品研究中心以及保鲜与物流研究中心。主要开展果蔬采后商品化处理技术研究、设施设备建设与应用管理、冷链物流、精深加工研究与产品开发，以郫县豆瓣、传统泡菜等为代表的传统发酵食品加工技术研究，菜籽油物理压榨工艺优化及适度精炼技术、薯类主食化及面食加工工艺研究，药食同源及营养健康产品开发和功效评价等研究。

四川省农业科学院基地管理机构由加工所代管，下设新都基地管理中心、郫都基地管理中心和科普培训中心，主要负责为农科院3000多亩的科研试验基地提供服务和保障、开展科普宣传等工作。